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西元1700多年，先民为求平安与心灵寄托，从大陆湄洲恭请妈祖圣尊至蕃薯寮(旗山旧称)。地方人士参拜圣蹟灵验，广为相传，并由许多当地百姓共同出资兴建庙宇，於1824年落成，距今近200年历史。於庙宇内镶有「奉宪」碑，碑文记述当时聚落消灭流棍事蹟，庙内壁有聚资重修碑两座，是研究旗山发展史的珍贵史料。终年香火鼎盛的旗山天后宫，是旗山地区仅存的清领时期庙宇，更是旗山人最重要的信仰中心。由於香火鼎盛，妈祖神像脸部早已被香烟薰得黝黑发亮。庙内石雕朴实简雅，木雕、铜塑则装饰得华美多采，是游客来旗山必去的景点之一。