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为加强防疫旅馆管理机制，高市府观光局依据中央流行疫情指挥中心颁布之「COVID-19(新冠肺炎)因应指引｣的防疫旅馆设置及管理相关规定，订定防疫旅馆检核表，凡有意加入本市防疫旅馆之业者，需向观光局提出申请，由市府观光局会同卫生局进行现场检核，通过者才能成为防疫旅馆，确保其隔离检疫的防疫功效。
防疫旅馆每日由观光局了解旅客入住情形，掌握可用房间数及入住状况；配合每2周配送口罩予防疫旅馆供工作人员实施现场稽查，检视旅馆是否遵照中央指引进行现场作业，尤其是人流管制(含外送员及家属)。依据本局督导流程及注意事项，防疫旅馆应於入口大厅公告人流管制规定并落实管制作业，切实执行分流入住旅客及工作人员动线，凡家属探视或相关物资递送均需透过柜台登录及转送，减少接触感染风险，若有防疫旅馆不配合管制作业，经观光局查证属实，即会撤除其防疫旅馆资格。
本市目前已有多家业者纳入防疫旅馆行列，约可提供800多床位，为奖励合法旅宿业者加入防疫旅馆，提供居家检疫者安心入住选择，凡符合中央指引规定，并经市府观光局审查合格，皆可获得每房每晚一千元补助，市府观光局遵照中央指引，严格管控防疫旅馆SOP，如民众有相关需求，可拨打市府居家隔离/检疫民众关怀扩大服务中心专线：07-8220300，将有专人协助依需求转介防疫旅馆。