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西元1700多年，先民為求平安與心靈寄託，從大陸湄洲恭請媽祖聖尊至蕃薯寮(旗山舊稱)。地方人士參拜聖蹟靈驗，廣為相傳，並由許多當地百姓共同出資興建廟宇，於1824年落成，距今近200年歷史。於廟宇內鑲有「奉憲」碑，碑文記述當時聚落消滅流棍事蹟，廟內壁有聚資重修碑兩座，是研究旗山發展史的珍貴史料。終年香火鼎盛的旗山天后宮，是旗山地區僅存的清領時期廟宇，更是旗山人最重要的信仰中心。由於香火鼎盛，媽祖神像臉部早已被香煙薰得黝黑發亮。廟內石雕樸實簡雅，木雕、銅塑則裝飾得華美多采，是遊客來旗山必去的景點之一。